Fue fundada como un fuerte cosaco en 1632 y no se constituyó verdaderamente en una ciudad hasta el descubrimiento de las reservas de oro siberianas a finales del siglo XIX. Estas reservas fueron explotadas de forma intensiva durante la industrialización de la Unión Soviética bajo el mandato de Stalin, lo que contribuyó al desarrollo urbano de Yakutsk. Actualmente es la ciudad más poblada de la Siberia nororiental y centro de una vasta región.